В файле стоит #include excel.h
сам excel.h включён в проект. При компиляции говорит, что файл не найден. Снова запускаю компиляцию - всё нормально - находит...
Это мой личный глюк?

Если вопрос в том, всегда ли безошибочная компиляция должна проходить лишь со второго раза, то это не так.
И если вы не можете воспроизвести эту ошибку, то вряд ли вам кто поможет понять, почему однажды что-то пошло не так.

Вероятно этот h файл не находится в папке доступной по путям указанным в SET PATH. То что он включен в проект никак не влияет на компиляцию отдельных файлов.

Он находится в корневой папке проекта. Из проекта нормально открывается...

Предположу что между первой и второй компиляцией был запущен проект.
И он установил set path или set defa.
Которые и позволяют найти требуемое.