Наткнулся на проблему.
Хочу из одной базы в другую добавить записи при помощи APPEND FROM с условием (FOR NOT DELETED() ), т.е. все записи, кроме удаленных, а получаю полную копию.
Единственное как это получилось, так это создать промежуточный файл командой COPY TO с условием без удаленных, а затем APPEND FROM {Промежуточный файл}.

Очень неудобно !

А если попробовать установить SET DELETED ON ?

Append from по условию работает не коррктно, в том числе и по условию DELETED() и с каким угодно SET DELETED. Кстати, в описании FOX25 это кажется было описано.