При использовании на корневой top level форме VFPSkin
перестают работать методы Destroy и QueryUNload.
Как быть?

Hi, roman2!

Что значит перестают работать? Может быть ты столкнулся с проблемой
подвисших ссылок - т.е. если на какой-то контрол форму есть ссылка, то форма
не выгружается вовсе.
Кроме того скин наверняка убирает штатную кнопку закрытия, и нажимаешь ты на
какую-то "самописую" кнопку - почитай документацию, возможно там описано что
и где прописать чтоб это нажатие отследить.