Как в никсах будет выглядеть скрипт, который ищет в бинарнике определенную последовательность байтов и заменяет ее на некую другую последовательность той же длины?

stackoverflow.com
Проще написать программу на си или том же perl, или воспользоваться какой-нить утилитой типа bbe. Но если ограничить себя чисто штатными командами/утилитами, то в принципе через sed можно сделать - только весьма черезж*шно получится.