static class Program
    {
        /// <summary>
        /// Главная точка входа для приложения.
        /// </summary>
        [STAThread]
        static void Main()
        {
            Application.EnableVisualStyles();
            Application.SetCompatibleTextRenderingDefault(false);
            Application.Run(new Form1());
        }
    }

static void Main(string[] args)
{
  if (args.Length == 0) // агрументов нет - запуск окна
  {
    Application.EnableVisualStyles();
    Application.SetCompatibleTextRenderingDefault(false);
    Application.Run(new Form1());
  }
  else // в командной строке есть параметры
  {
    [...]
  }
}

StartupUri="MainWindow.xaml"

/// <summary>
/// Логика взаимодействия для App.xaml
/// </summary>
public partial class App : Application
{
    private static void App_Startup(object sender, StartupEventArgs e)
    {
        if (e.Args.Length == 0) // агрументов нет - запуск в окне
        {
            // ?
        }
        else // в командной строке есть параметры
        {

        }

    }
}

    
    /// <summary>
    /// Логика взаимодействия для App.xaml
    /// </summary>
    public partial class App : Application
    {
        protected override void OnStartup(StartupEventArgs e)
        {
            base.OnStartup(e);

            if (e.Args.Length == 0) // агрументов нет - запуск в окне
            {
                MainWindow win = new MainWindow();
                win.Show();
            }
            else // в командной строке есть параметры
            {

            }
        }
    }

      
      public partial class App : Application  
      {  
          protected override void OnStartup(StartupEventArgs e)  
          {  
              base.OnStartup(e);  
    
              if (e.Args.Length == 0) // агрументов нет - запуск в окне  
              {  
                  MainWindow win = new MainWindow();  
                  win.Show();  
              }  
              else // в командной строке есть параметры  
              {  
                  // что то делаем
                  this.Shutdown();
              }  
          }  
      }